吉安市疾病預(yù)防控制中心的“三代基因測(cè)序儀”采購(gòu)

方案征集公告

各儀器設(shè)備廠家、經(jīng)營(yíng)單位：

吉安市疾病預(yù)防控制中心計(jì)劃采購(gòu)一臺(tái)三代基因測(cè)序儀，為了全面了解不同廠家、不同型號(hào)的設(shè)備性能、配置、使用成本、市場(chǎng)價(jià)格等情況，根據(jù)《中華人民共和國(guó)政府采購(gòu)法》等法律法規(guī)的要求，本著“公平、公開、公正”的原則，對(duì)本次實(shí)施采購(gòu)的設(shè)備進(jìn)行采購(gòu)方案征集工作，特邀貴單位本著誠(chéng)心讓利優(yōu)惠的原則參與。采購(gòu)方將組織專家小組對(duì)各單位所提供的選型方案及設(shè)備技術(shù)、性能、價(jià)格等情況進(jìn)行綜合評(píng)定，并結(jié)合工作需求確定性價(jià)比最優(yōu)的設(shè)備選型方案參考為采購(gòu)方案實(shí)施政府采購(gòu)?，F(xiàn)將具體事項(xiàng)通知如下：

三代基因測(cè)序儀采購(gòu)需求：

1.項(xiàng)目名稱：三代基因測(cè)序儀

2.預(yù)算金額：**0萬(wàn)元人民幣

3.技術(shù)要求：為保證單位業(yè)務(wù)正常開展，各廠商所投產(chǎn)品必須滿足可用于微生物（包括細(xì)菌、病毒和各類真菌甚至病原蟲等）的測(cè)序檢測(cè)，可以實(shí)現(xiàn)快速物種鑒定、溯源分析與耐藥、毒力分析等。

1、測(cè)序儀主機(jī)

1.直接測(cè)序DNA/RNA樣本，無(wú)需通過PCR 擴(kuò)增；

2.單次可同時(shí)運(yùn)行≥2張測(cè)序芯片；

3.單張芯片產(chǎn)出≥**0Gb；

4.單次準(zhǔn)確率：?jiǎn)涡蛄袦?zhǔn)確率≥**%；

5.測(cè)序時(shí)長(zhǎng)：1min-**h內(nèi)可隨時(shí)中斷，且芯片可重復(fù)利用；

6.起始樣品總量**pg-1ug；

7.可用于全長(zhǎng)**S測(cè)序進(jìn)行微生物群落分析；可用于轉(zhuǎn)錄組全長(zhǎng)測(cè)序，測(cè)序結(jié)果無(wú)需拼接，可直接分析轉(zhuǎn)錄本可變剪切模式；

8.最快建庫(kù)時(shí)間≤**min；

9.可通過結(jié)合Barcode實(shí)現(xiàn)擴(kuò)增子的Multiplex測(cè)序，可提供≥**種Barcode序列；

**.可進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序且有完整成熟的實(shí)驗(yàn)方案，并能提供詳細(xì)的實(shí)驗(yàn)方案；

**.文庫(kù)上樣后如若芯片出現(xiàn)異常，可以把文庫(kù)回收用于下一次測(cè)序。

2、生信分析系統(tǒng)

2.1、新冠全基因組分析系統(tǒng)參數(shù)：

1.提供從下機(jī)數(shù)據(jù)到生信結(jié)果一鍵式圖形界面分析，無(wú)需分步操作；

2.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測(cè)序下機(jī)數(shù)據(jù)的分析，允許fast5，fastq，barcode fastq以及對(duì)應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無(wú)需額外處理；

3.提供新冠病毒全基因組組裝以及突變位點(diǎn)分析，突變位點(diǎn)表格包含突變位點(diǎn)位置、堿基變化、氨基酸變化、位點(diǎn)測(cè)序深度、支持?jǐn)?shù)據(jù)比例和效應(yīng)注釋信息；

4.內(nèi)置基因組瀏覽器，支持可視化驗(yàn)證位點(diǎn)突變真實(shí)性與模式，同時(shí)與突變位點(diǎn)表建立聯(lián)動(dòng)機(jī)制，實(shí)現(xiàn)一鍵定位，無(wú)需手動(dòng)輸入突變位點(diǎn)位置；

5.支持自建基因組本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)，提供數(shù)據(jù)庫(kù)清空、樣本增減和meta信息編輯功能；

6.內(nèi)置GISAID來(lái)源數(shù)據(jù)庫(kù)和本地自建數(shù)據(jù)庫(kù)，提供群體比較分析，結(jié)果展示變異比較列表、系統(tǒng)進(jìn)化樹、序列同源性、共享SNP數(shù)量、獨(dú)享SNP、缺失位置和插入位置；

7.提供新冠病毒全基因組下采樣式覆蓋度、正負(fù)鏈覆蓋圖和引物池覆蓋圖，獲知基因組不同區(qū)域測(cè)序深度，統(tǒng)計(jì)不同測(cè)序深度位點(diǎn)，提示序列完整性；

8.提供污水新冠監(jiān)測(cè)模塊，可獲得不同分型比例信息，突變信息以及一致性序列；

9.提供fast5轉(zhuǎn)fastq（3種轉(zhuǎn)換模式）、自定義barcode拆分、接頭和barcode序列去除、fastq/fasta相互轉(zhuǎn)換、序列合并與拆分、序列轉(zhuǎn)換、序列挑選、序列條件過濾、bed位置提取、比對(duì)位置分析等功能，以圖形界面形式實(shí)現(xiàn)；

2.2、流感全基因組分析系統(tǒng)參數(shù)：

1.一個(gè)主機(jī)允許多個(gè)用戶端，支持主流系統(tǒng)（liunx系統(tǒng)、windows系統(tǒng)、MAC系統(tǒng)）局域網(wǎng)IP訪問，保證數(shù)據(jù)安全性及使用便利性，以圖形界面實(shí)現(xiàn)；

2.支持用戶在線和離線一鍵升級(jí)系統(tǒng)，無(wú)需命令行操作；

3.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測(cè)序下機(jī)數(shù)據(jù)的分析，允許fast5，fastq，barcode fastq以及對(duì)應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無(wú)需額外處理；

4.提供流感病毒全基因組組裝以及突變位點(diǎn)分析，包含突變位點(diǎn)位置、堿基變化、位點(diǎn)測(cè)序深度和雜合情況信息；

5.內(nèi)置IGV基因組瀏覽器，支持可視化驗(yàn)證位點(diǎn)突變模式；

6.提供甲乙丙丁四種流感病毒鑒定，甲流亞型鑒定，乙流支系鑒定以及clade詳細(xì)分型；

7.內(nèi)置流感數(shù)據(jù)庫(kù)，基于HA和NA基因提供群體比較分析，支持本地?cái)?shù)據(jù)導(dǎo)入共同分析，結(jié)果以變異比較列表和系統(tǒng)發(fā)育樹的方式展示；

8.提供流感病毒全基因組覆蓋度圖，獲知基因組不同區(qū)域測(cè)序深度，統(tǒng)計(jì)不同測(cè)序深度位點(diǎn)，提示序列完整性；

2.3、廣譜病原微生物及耐藥分析系統(tǒng)參數(shù)：

1.支持用戶在線和離線一鍵升級(jí)系統(tǒng)，無(wú)需命令行操作；

2.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測(cè)序下機(jī)數(shù)據(jù)的分析，允許fast5，fastq，barcode fastq以及對(duì)應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無(wú)需額外處理；

3.支持單樣本和多樣本測(cè)序數(shù)據(jù)自定義導(dǎo)入分析，提供樣本名稱編輯功能；

4.支持**s rDNA全長(zhǎng)擴(kuò)增子測(cè)序數(shù)據(jù)分析，搭載臨床級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)，提供比對(duì)質(zhì)量分布和比對(duì)長(zhǎng)度覆蓋圖，確定鑒定結(jié)果真實(shí)性；

5.支持宏基因組分析，可同時(shí)檢測(cè)≥****0種物種信息條目，包括病毒、細(xì)菌、真菌、原蟲、古菌等；

6.提供物種分類、NCBI物種號(hào)、相對(duì)豐度、人間傳染的病原微生物目錄和致病性信息，以及所有物種序列下載功能；

7.提供耐藥元件鑒定、耐藥機(jī)理和耐藥藥物鑒定等分析以及毒力元件鑒定和毒力機(jī)理等分析；

8.支持自建病原序列本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)，提供blast和mapping兩種序列比較方法；

9.內(nèi)置病毒亞型數(shù)據(jù)庫(kù)，支持分析所有呼吸道和腸道病毒亞型；

**.提供樣本管理系統(tǒng)，支持輸入樣本的具體信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息，支持樣本信息和數(shù)據(jù)分析管理關(guān)聯(lián)等。

2.4、致病菌分析系統(tǒng)：

1.提供從下機(jī)數(shù)據(jù)到生信結(jié)果一鍵式圖形界面分析，無(wú)需分步操作；

2.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測(cè)序下機(jī)數(shù)據(jù)的分析；

3.允許fast5，fastq，barcode fastq以及對(duì)應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無(wú)需額外處理；

4.支持單樣本和多樣本測(cè)序數(shù)據(jù)自定義導(dǎo)入分析，提供樣本名稱編輯功能；

5.支持IGV查看測(cè)序原始數(shù)據(jù)比對(duì)情況，同時(shí)也可以查看位點(diǎn)的突變情況；

6.支持組裝結(jié)果評(píng)估，對(duì)組裝結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，提供是否成環(huán)和checkM評(píng)估結(jié)果；

7.提供樣本管理系統(tǒng)，支持輸入樣本背景信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息；

8.支持樣本信息和數(shù)據(jù)分析管理關(guān)聯(lián)；

9.支持一鍵輸出可打印的分析報(bào)告，支持分析數(shù)據(jù)及結(jié)果下載、圖表輸出、病例信息關(guān)聯(lián)等；

**.主機(jī)允許用戶端通過局域網(wǎng)IP遠(yuǎn)程訪問；

**.用戶可以實(shí)現(xiàn)在線和離線一鍵升級(jí)系統(tǒng)；

**.支持沙門氏菌、大腸桿菌、志賀氏菌、副溶血弧菌、霍亂弧菌、小腸結(jié)腸耶爾森菌和空腸彎曲桿菌7種致病菌，開展全基因組數(shù)據(jù)分析，每種菌都有獨(dú)立的分析操作界面；

**.支持沙門氏菌、大腸桿菌、志賀氏菌、副溶血弧菌、霍亂弧菌、小腸結(jié)腸耶爾森菌和空腸彎曲桿菌7種致病菌支持MLST分子分型和沙門、大腸等4種cgMLST分子分型；

**.支持自建數(shù)據(jù)庫(kù)溯源分析，支持構(gòu)建進(jìn)化樹。

2.5、組裝分析模塊：

1.提供從下機(jī)數(shù)據(jù)到生信結(jié)果一鍵式圖形界面分析，無(wú)需分步操作；

2.一個(gè)主機(jī)允許多個(gè)用戶端，支持主流系統(tǒng)（liunx系統(tǒng)、windows系統(tǒng)、MAC系統(tǒng)）局域網(wǎng)IP訪問，保證數(shù)據(jù)安全性及使用便利性，以圖形界面實(shí)現(xiàn)；

3.支持用戶在線和離線一鍵升級(jí)系統(tǒng)，無(wú)需命令行操作；

4.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測(cè)序下機(jī)數(shù)據(jù)的分析，允許fast5，fastq，barcode fastq以及對(duì)應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無(wú)需額外處理；

5.支持單樣本和多樣本測(cè)序數(shù)據(jù)自定義導(dǎo)入分析，提供樣本名稱編輯功能；

6.支持主流組裝軟件選擇，提供無(wú)參、有參和混合組裝三種組裝模式，組裝結(jié)果可在軟件界面直接查閱以及自定義保存；

7.基于有參組裝模式，提供全基因組突變位點(diǎn)分析，包含突變位點(diǎn)位置、堿基變化、位點(diǎn)測(cè)序深度和雜合情況信息；

8.提供樣本全基因組覆蓋度圖，獲知基因組不同區(qū)域測(cè)序深度；

9.支持基因組組裝序列注釋，包含基因類型、基因名、基因位置、EC號(hào)、COG號(hào)和功能描述，提供gff，gbk等注釋文件；

**.支持耐藥分析，提供耐藥元件、耐藥機(jī)理和耐藥藥物鑒定結(jié)果；

**.支持毒力分析，提供毒力元件和毒力機(jī)理鑒定結(jié)果；

**.支持**4種細(xì)菌多位點(diǎn)序列分型（MLST）分析，提供管家基因等位基因編號(hào)和菌株序列型；

**.提供結(jié)果數(shù)據(jù)做圖、統(tǒng)計(jì)功能以及圖表輸出功能；

**.提供樣本管理系統(tǒng)，支持輸入樣本的具體信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息，支持樣本信息和數(shù)據(jù)分析管理關(guān)聯(lián)等。

2.6、溯源分析模塊參數(shù)：

1.提供從下機(jī)數(shù)據(jù)到生信結(jié)果一鍵式圖形界面分析，無(wú)需分步操作；

2.一個(gè)主機(jī)允許多個(gè)用戶端，支持主流系統(tǒng)（liunx系統(tǒng)、windows系統(tǒng)、MAC系統(tǒng)）局域網(wǎng)IP訪問，保證數(shù)據(jù)安全性及使用便利性，以圖形界面實(shí)現(xiàn)；

3.支持用戶在線和離線一鍵升級(jí)系統(tǒng)，無(wú)需命令行操作；

4.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測(cè)序下機(jī)數(shù)據(jù)的分析，允許fast5，fastq，barcode fastq，fasta以及對(duì)應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無(wú)需額外處理；

5.支持單樣本和多樣本測(cè)序數(shù)據(jù)自定義導(dǎo)入分析，提供樣本名稱編輯功能；

6.支持多序列聯(lián)配，動(dòng)態(tài)查閱候選位點(diǎn)異同，提供交互式差異位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)表；

7.支持基因組相似性分析，提供進(jìn)化熱圖；

8.支持系統(tǒng)發(fā)育樹和最小生成樹分析，可調(diào)整樹展示形式；

9.提供結(jié)果數(shù)據(jù)做圖、統(tǒng)計(jì)功能以及圖表輸出功能；

**.提供樣本管理系統(tǒng)，支持輸入樣本的具體信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息，支持樣本信息和數(shù)據(jù)分析管理關(guān)聯(lián)等；

3、配套工作站

工作站1：配置不低于： CPU數(shù)量≥2，核心數(shù)≥**核，線程數(shù)≥**； GPU數(shù)量≥1，顯存≥**Gb，CUDA核心≥****2；內(nèi)存≥**2G，固態(tài)硬盤≥8Tb；企業(yè)級(jí)機(jī)械硬盤容量≥**Tb； 顯示器≥ **英寸；分辨率：≥*********。

工作站2：配置不低于；內(nèi)存≥**8GB ，CPU:≥ i9系列；顯卡≥6G顯存系統(tǒng)盤：固態(tài)硬盤≥ **2G，數(shù)據(jù)盤: SATA硬盤≥4TB，≥ **寸顯示器/鍵鼠。

4.回復(fù)意見的供應(yīng)商資格：滿足《中華人民共和國(guó)政府采購(gòu)法》第二十二條規(guī)定

5.回復(fù)意見要求：各響應(yīng)單位根據(jù)采購(gòu)人的采購(gòu)需求，提供完整準(zhǔn)確的項(xiàng)目方案，包括但不限于產(chǎn)品技術(shù)參數(shù)、數(shù)量、型號(hào)、品牌、制造商名稱、預(yù)算單價(jià)和總價(jià)，詳細(xì)售后服務(wù)的內(nèi)容、形式、質(zhì)保期、貨物技術(shù)性能優(yōu)勢(shì)、技術(shù)加分條款或評(píng)分細(xì)則等。

6. 回復(fù)意見方式：

6.1采購(gòu)單位電話：****-******6，采購(gòu)單位郵寄地址：江西省吉安市吉州區(qū)吉州大道**號(hào)；郵件接收郵箱：jacdcb@**3.com。

6.2招標(biāo)代理電話：**********5，招標(biāo)代理郵寄地址：江西省吉安市吉州區(qū)井岡山大道**2號(hào)曼哈頓廣場(chǎng)9棟****室；郵件接收郵箱： **********@qq.com 。

7.回復(fù)意見截止時(shí)間：****年**月**日**時(shí)前，超過截止時(shí)間不予受理。

8.組織專家論證時(shí)間:****年**月**日9時(shí)。

9.項(xiàng)目有關(guān)信息的聯(lián)系方式：

采購(gòu)單位：王先生 ****-******6

采購(gòu)代理：江西同創(chuàng)招標(biāo)代理有限公司

**、免責(zé)聲明：本次采購(gòu)方案征集工作僅作為采購(gòu)前的采購(gòu)需求論證依據(jù)，工作成果不構(gòu)成采購(gòu)人的履約承諾。

江西同創(chuàng)招標(biāo)代理有限公司

****年**月6日

采購(gòu)需求方案征集回復(fù)函（格式）

項(xiàng)目名稱：三代基因測(cè)序儀

公司名稱：（蓋章）

聯(lián)系人：

聯(lián)系電話：

電子郵箱：

一、供應(yīng)商資格

此處添加營(yíng)業(yè)執(zhí)照等資格條件要求的材料

二、采購(gòu)設(shè)備清單

序號(hào)	貨物名稱	品牌、制造商全稱	規(guī)格型號(hào)	數(shù)量	單價(jià)（元）	合計(jì)（元）
1
2
3
4
5
6
…
總計(jì)

注：報(bào)價(jià)需為包干價(jià)，包括完成本項(xiàng)目所需的安裝費(fèi)、運(yùn)輸費(fèi)、調(diào)試費(fèi)、人工費(fèi)、稅費(fèi)等一切相關(guān)費(fèi)用。

三、技術(shù)參數(shù)和商務(wù)要求

序號(hào)	貨物名稱	技術(shù)參數(shù)	貨物技術(shù)性能優(yōu)勢(shì)	商務(wù)要求
1				注：填寫跟本項(xiàng)目相關(guān)的售后服務(wù)條款、質(zhì)保期等內(nèi)容。
2
3
4
5

四、評(píng)分細(xì)則（重點(diǎn)是優(yōu)勢(shì)技術(shù)加分條款）

五、其他意見